家賃が非課税なら消費税は無関係？——賃貸法人が「売った2年後」につまずく3つの分かれ道
投稿日：2026年09月04日
おはようございます。
朝４時起きの名古屋の税理士丸山です。
「うちは居住用のアパートだけだから家賃は非課税。
消費税の申告なんて一生関係ない」——賃貸用の法人をお持ちの方から、よくそう伺います。
平時はそのとおりです。
ところが物件を一棟売った瞬間に、この前提は静かに崩れます。
しかも効いてくるのは売った年ではなく、その2期後。
気づいたときには打てる手がほとんど残っていない、というご相談を毎年いただきます。
今日は、賃貸法人が売却でつまずきやすい消費税の分かれ道を3つに絞ってお伝えします。
目次
1. 家賃は非課税、でも建物の売却は課税
2. 分かれ道① 影響が出るのは「売った2期後」
3. 分かれ道② 課税事業者の期に売ると、手取りが変わる
4. 分かれ道③ 課税事業者になった1期を、どう乗り切るか
1. 家賃は非課税、でも建物の売却は課税
居住用物件の家賃、礼金、更新料は、いずれも消費税は非課税です。
土地の譲渡も非課税。
ですから居住用中心の賃貸法人が、設立以来ずっと免税事業者のまま、というのは珍しいことではありません。
ただし例外があります。
駐車場収入、店舗・事務所用の賃料、原状回復費のうち入居者負担分、そして建物の売却代金。
これらはいずれも課税売上です。
つまり非課税なのは「家賃と土地」であって、「法人まるごと」ではない。
ここが出発点になります。
なお、設立時の資本金が1,000万円以上だと、1期目から自動的に課税事業者になります。
まとまった資金を入れたい場合でも、払込額の2分の1までは資本準備金に回せますので、資本金そのものは1,000万円未満に抑えるのが定石です。
2. 分かれ道① 影響が出るのは「売った2期後」
消費税の納税義務は、原則として基準期間、つまり2期前の課税売上高で判定します。
建物部分の対価（税抜）が1,000万円を超える売却をすると、その2期後に課税事業者になります。
売った期でもなく、翌期でもなく、2期後。
ここが厄介です。
売却の記憶が薄れ、資金も使い道が決まった頃に、納税義務だけが静かに到来します。
さらにもう一つ。
前事業年度の上半期（特定期間）の課税売上高が1,000万円を超えた場合には、翌期から課税事業者になることがあります。
ただしこの判定は給与等の支払額に置き換えることができるため、その期間の給与等が1,000万円以下であれば免税を維持できます。
同じ物件でも、上期に売るか下期に売るかで結論が変わる、ということです。
3. 分かれ道② 課税事業者の期に売ると、手取りが変わる
仮に契約書上の建物価格を5,500万円として売却したとします。
法人が免税事業者であれば、消費税の納税は生じません。
しかし課税事業者の期であれば、この中に含まれる500万円が納税額として出ていきます。
同じ売買契約書でも、法人の状態が違うだけで手取りが500万円変わる計算です。
ここから実務的な示唆が出てきます。
二棟を続けて売る計画があるなら、順番と期のずらし方に検討の価値があるということです。
一棟目を売った2期後は課税事業者になっている可能性が高いので、二棟目をその期にぶつけない。
それだけで結果が変わり得ます。
逆側の視点も持っておきたいところです。
令和2年度の改正により、居住用賃貸建物を取得した買主は、その建物にかかる消費税について原則として仕入税額控除ができなくなりました。
買主にとって建物価格に乗る消費税は、取り戻せない純粋なコストです。
土地と建物の価格配分は、売主の納税額だけでなく、買主の資金計画にも直結します。
交渉のテーブルに乗る前に、どちらの立場からも数字を作っておくべき論点です。
4. 分かれ道③ 課税事業者になった1期を、どう乗り切るか
課税事業者になっても、その期の課税売上が小さければ納税額も小さい。
問題は「経費にかかった消費税をどれだけ引けるか」です。
賃貸法人は非課税売上である家賃が大半を占めるため、課税売上割合が極端に低くなります。
たとえば課税売上132万円に対して非課税売上1,200万円なら、課税売上割合は約9.9%。
管理手数料のように課税・非課税の両方に関わる共通経費の消費税は、この9.9%しか控除できません。
経費はしっかり払っているのに、ほとんど引けない。
これが賃貸業の実像です。
選択肢のひとつが簡易課税制度です。
基準期間の課税売上高が5,000万円以下であれば選択でき、経費を集計せずに売上側の消費税から一定割合を控除できます。
ただし届出の期限は、適用したい事業年度の開始日の前日まで。
2期後に課税事業者になると分かっているなら、その前期末までに動く必要があります。
原則2年間の継続適用になること、大規模修繕を予定しているなら原則課税のほうが有利になり得ることも、あわせて比べてください。
もう一点。
賃貸収入と、建物などの固定資産の譲渡とでは事業区分の判定が異なりますので、みなし仕入率は取引ごとに確認が必要です。
「不動産賃貸業だから一律この率」と決め打ちしないことをおすすめします。
結び
消費税は、利益が出たかどうかとは無関係に、取引の形と時期だけで決まります。
だからこそ売却の意思決定を「いくらで売れるか」だけで進めると、2年後に想定外のキャッシュアウトが起きます。
裏を返せば、売る前に一度整理しておけば、順番を入れ替えるだけで結果が変わる余地が残っている領域でもあります。
当事務所では、物件の売却相談をいただいた際に、譲渡益の試算と同時に、その後3期分の消費税の納税義務判定までお出しするようにしています。
売却は出口ではなく、次の一手の入口です。
経営理念に掲げる「ともに未来を描く」のとおり、目先の税額ではなく5年後の資産構成と資金繰りから逆算して、ご一緒に考えます。
売却をご検討中でしたら、契約書を交わす前に一度ご相談ください。
免責事項
本記事は一般的な情報提供を目的としたものであり、個別の税務判断を保証するものではありません。
税制は改正される場合があり、実際の取扱いは個別の事実関係により異なります。
ご判断にあたっては、必ず顧問税理士等の専門家にご確認ください。
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この記事の監修
税理士
丸山会計事務所代表 丸山 和秀（1986年生まれ）
税制支援20年以上、不動産税務、事業承継＆M&A、法人資産税、設備投資時の優遇税制を得意とする。
「ともに未来を描く」を経営理念として、お客様と一緒に未来を描くことができる、提案型の“攻める税理士”として、経営ビジョンやニーズに寄り添い、適切なタイミングで、お客様のお悩みを解決するご提案を行う。
